| Falascone | 48 ha | ||
| Foresta Umbra | 399 ha | ||
| Il Monte | 130 ha | ||
| Ischitella e Carpino | 299 ha | ||
| Isola di Varano | 145 ha | ||
| Lago di Lesina (parte orientale) | 930 ha | ||
| Marinella Stornara | 45 ha | ||
| Masseria Combattenti | 82 ha | ||
| Monte Barone | 124 ha | ||
| Murge Orientali | 733 ha | ||
| Oasi WWF Le Cesine | 380 ha | ||
| Palude di Frattarolo | 257 ha | ||
| Saline di Margherita di Savoia | 3.871 ha | ||
| San Cataldo | 28 ha | ||
| Sfilzi | 56 ha | ||
| Stornara | 1.456 ha | ||
| Torre Guaceto | 1.000 ha |