| | | Accadia - Deliceto (IT9110033) | 3.523 ha |
| | | Bosco Jancuglia - Monte Castello (IT9110027) | 4.456 ha |
| | | Bosco Quarto - Monte Spigno (IT9110030) | 7.862 ha |
| | | Castagneto Pia, Lapolda, Monte la Serra (IT9110024) | 689 ha |
| | | Duna e Lago di Lesina - Foce del Fortore (IT9110015) | 9.823 ha |
| | | Falascone (IT9110017) | 57 ha |
| | | Foresta Umbra (IT9110004) | 20.656 ha |
| | | Foresta umbra (IT9110018) | 30.467 ha |
| | | Ischitella e Carpino (IT9110036) | 314 ha |
| | | Isola e Lago di Varano (IT9110001) | 8.146 ha |
| | | Isole Tremiti (IT9110011) | 372 ha |
| | | Isole Tremiti (IT9110040) | 342 ha |
| | | Laghi di Lesina e Varano (IT9110037) | 15.195 ha |
| | | Lago di Lesina (sacca orientale) (IT9110031) | 927 ha |
| | | Manacore del Gargano (IT9110025) | n/a |
| | | Monte Barone (IT9110010) | 177 ha |
| | | Monte Calvo - Piana di Montenero (IT9110026) | 7.620 ha |
| | | Monte Cornacchia - Bosco Faeto (IT9110003) | 6.925 ha |
| | | Monte Sambuco (IT9110035) | 7.892 ha |
| | | Monte Saraceno (IT9110014) | 1 ha |
| | | Palude di Frattarolo (IT9110007) | 257 ha |
| | | Paludi presso il Golfo di Manfredonia (IT9110038) | 14.437 ha |
| | | Pineta Marzini (IT9110016) | 787 ha |
| | | Promontorio del Gargano (IT9110039) | 70.012 ha |
| | | Saline di Margherita di Savoia (IT9110006) | 49 ha |
| | | Sfilzi (IT9110019) | 69 ha |
| | | Testa del Gargano (IT9110012) | 5.658 ha |
| | | Valle del Cervaro, Bosco dell'Incoronata (IT9110032) | 5.769 ha |
| | | Valle Fortore, Lago di Occhito (IT9110002) | 8.369 ha |
| | | Valle Ofanto - Lago di Capaciotti (IT9120011) | 7.572 ha |
| | | Valloni di Mattinata - Monte Sacro (IT9110009) | 6.510 ha |
| | | Valloni e Steppe Pedegarganiche (IT9110008) | 29.817 ha |
| | | Zone umide della Capitanata (IT9110005) | 14.110 ha |
