Pantelleria si è formata nell'era quaternaria, dunque è un territorio di origine recente, sorto sul margine di contatto tra il continente africano e quello europeo. L'isola è ricca in vegetazione anche se, data l'ampiezza, le sue 597 diverse specie, sottospecie e varietà botaniche potrebbero sembrar poche.
Addentrandoci verso l'interno si osserva una vegetazione di macchia a ginepro feniceo e periploca minore che, nei tratti marginali e soleggiati, si arricchisce dell'euforbia arborescente e di altre specie di gariga e macchia.
Significative sono le presenze animali sull'isola: qui risiede l'unica stazione europea di cinciallegra algerina; l'unica italiana di beccamoschino iberico e dell'orecchione comune; l'unica siciliana di colubro sardo o "ferro di cavallo", un serpente dall'inconfondibile livrea e lungo ben 150 cm.