L'85% del Parco dei Laghi è coperto da boschi. Castagno, acero, carpino
nero, sorbo, biancospino, roverella, faggio (al di sopra degli 800-900
metri) sono tra le specie arboree dominanti. Ma ci sono anche le
abetale, che danno un tocco alpestre. Non mancano radure, prati,
pascoli, campi abbandonati a poco a poco riconquistati dalla
vegetazione spontanea, e qualche coltivazione, nonchè alberi da frutto
di varietà antiche lungo le mulattiere o accanto alle case rurali.
Tra gli arbusti, ecco Dafnè laureola, Madreselva pelosa, Berretta del
prete; e tra la flora erbacea: scilla, colombina e geranio nodoso, per
esempio. E poi, nel sottobosco: elleboro, viola, primula, anemone dei
boschi, erba trinità, polmonaria... e funghi a volontà.
Dall'idroscalo di Milmo al lago Trasimeno, non c'è nell'Italia centro settentrionale uno specchio d'acqua più grande del Lago di Suviana: capacità di 42 milioni di metri cubi, superficie di 1,5 Km quadrati (e diga alta 97 metri). Il lago che rientra nel Parco, si presta per attività balneari e sport acquatici ("lido" attrezzato sotto l'abitato di Stagno e vari punti di ristoro). Associazioni e club sportivi, in collaborazione con la provincia di Bologna e coi comuni di Castel di Casio e Camugnano, su questo 'mare' di montagna tengono ogni estate varie rnanifestazioni di surf, canoa, nuoto pinnato, pesca sportiva e perfino di un particolare triathlon (nuoto, canoa, tiro con l'arco). Il tutto nell'ambito del programma Suviana beach.
L'ossatura geologica delle montagne del parco si può leggere osservando, da uno dei balconi panoramici offerti dalle cime più elevate, l'orografia e il paesaggio. Il confine tra rocce di natura diversa si manifesta infatti con nitidi passaggi morfologici, a cui fanno riscontro notevoli mutamenti nell'assetto generale del paesaggio.
Tra i mammiferi la specie più rappresentativa è senza dubbio il cervo, tornato ad abitare queste montagne da alcuni decenni. Piuttosto comune è un altro ungulato, il cinghiale, che lascia quasi ovunque le inconfondibili tracce del suo passaggio: scavi sul suolo ("grufolate") e i sentieri ("trottoi"), bagni di fango ("insogli"). Più raro ed elusivo è il capriolo, qui legato soprattutto ai cespuglieti e ai cedui fitti, dove bruca gemme e tenere foglie.
Più della metà del territorio del Parco si trova sopra i 700 metri di quota e il bosco ricopre l'80 per cento quest'ultimo è composto in prevalenza da faggio, infatti il 34 per cento della superficie forestale è rappresentata da questa specie.
Aree montuose impervie e lontane dalle principali direttrici storiche, le località del parco hanno lasciato scarse tracce nei documenti più antichi, e solo a partire dal medioevo feudale è possibile tracciare un quadro più chiaro dell'assetto del territorio.
I principali corsi d'acqua sono il torrente Brasimone che nasce dal Monte Calvi e il torrente Limentra di Treppio. Il torrente Brasimone riceve le acque da numerosi affluenti. Dal lato sinistro arrivano piccoli rii: il rio delle Piagge, il rio Campane, il rio Monte Calvi, il rio Lavaccioni di sotto e quello dei Lavaccioni di sopra, il fosso di Ca' Fontana di Boia.