L'origine di Filicudi è comune a quella delle altre isole dell'arcipelago eoliano e si lega all'intensa attività geotettonica del Mediterraneo nell'era Quaternaria, con stabilizzazione della catena appenninica avvenuta nell'era Terziaria. La parte visibile dell'isola è la sommità di una complessa struttura vulcanica sommersa.
Detto "Orchidea delle Eolie", il cappero (Capparis spinosa subsp. rupestris), in primavera-estate produce fiori bellissimi dai petali bianchi con ciuffi di lunghi stami violacei.
Mammifero pinnipede ormai scomparso dalle coste italiane e a grave rischio di estinzione in tutto il Mediterraneo: ne sopravvivono circa 300 esemplari distribuiti fra Spagna, Mauritania, Tunisia, Grecia e Turchia.
Lo scoglio della Canna si erge come un torrione dritto e altissimo (supera i 70 m), formato dal sovrapporsi di strati lavici fortemente inclinati, lungo la rotta per Alicudi sul versante nord-occidentale dell'isola.