La ZSC è situata nella fascia collinare che si estende ai piedi delle Prealpi Varesine, tra il Lago Maggiore e il Fiume Olona, e si inserisce nel contesto del paesaggio collinare degli anfiteatri morenici. Dei circa 466 ha, ben il 75% è coperto dalla superficie del Lago, il cui valore paesaggistico è esaltato dalla cornice delle Alpi e Prealpi sullo sfondo a Nord. La ZSC si trova interamente in Provincia di Varese e si estende nei territori di cinque comuni: Comabbio, Vergiate, Varano Borghi, Mercallo e Ternate.
All'interno del sito le criticità principali sono rappresentate dall'invasione delle specie vegetali esotiche, dai fenomeni di interrimento del lago e dall'antropizzazione delle sponde.
Gli obiettivi di gestione mirano alla ricostituzione e alla riqualificazione degli habitat legati alle zone umide, al contrasto alle specie vegetali e faunistiche esotiche presenti e al miglioramento della qualità delle acque lacustri attraverso interventi puntuali sugli scarichi esistenti.
