| | Agogna Morta | 5 ha |
| | Agricolo Nord Est | 2.940 ha |
| | Alto Martesana | 298 ha |
| | Alto Milanese | 360 ha |
| | Alto Sebino | 6.708 ha |
| | Altopiano di Cariadeghe | 492 ha |
| | Ariadello e Valle dei Navigli | 34 ha |
| | Barberino | 119 ha |
| | Barzio dal fondovalle alle Orobie | 470 ha |
| | Basso Chiese | 215 ha |
| | Basso Corso del Fiume Brembo | 974 ha |
| | Basso Mella | 221 ha |
| | Bodrio della Cascina Margherita | 1 ha |
| | Bodrio della Cà de' Gatti | 1 ha |
| | Bodrio delle Gerre | 1 ha |
| | Bosca | 74 ha |
| | Bosco del Rugareto | 1.260 ha |
| | Brembiolo | 546 ha |
| | Brembo e Cantoni di Lenna | 200 ha |
| | Brianza Centrale | 396 ha |
| | Buco del Frate | 0 ha |
| | Cascate dell'Acquafraggia | 40 ha |
| | Cascine | 213 ha |
| | Castello dal Verme | 46 ha |
| | Castello di Verde | 40 ha |
| | Caurga del Torrente Rabbiosa | 3 ha |
| | Cavallera | 625 ha |
| | Colli Briantei | 550 ha |
| | Collina di San Colombano | 1.440 ha |
| | Colline di Brescia | 4.418 ha |
| | Colline Moreniche di Castiglione | 1.179 ha |
| | Corno di Predore e Tavernola | 376 ha |
| | Corridoio Morenico del Basso Garda Bresciano | 514 ha |
| | Dei Fontanili e dei Boschi | 150 ha |
| | Dei Mulini | 501 ha |
| | Del Gelso | 980 ha |
| | Della Rocca e del Sasso | 90 ha |
| | delle Cave di Buffalora e di San Polo | n.d. |
| | Est delle Cave | 573 ha |
| | Fiume Tormo | 4.406 ha |
| | Fontanile San Giacomo | 413 ha |
| | Fontanili di Capralba | 745 ha |
| | Fortunago | 400 ha |
| | Funghi di terra di Rezzago | 0 ha |
| | Galbusera Bianca (Oasi Affiliata WWF) | 20 ha |
| | Garzaia della Cascina Notizia | 12 ha |
| | Garzaia della Cascina Villarasca | 53 ha |
| | Garzaia della Rinalda | 13 ha |
| | Garzaia della Verminesca | 16 ha |
| | Garzaia di Celpenchio | 45 ha |
| | Garzaia di Gallia | 7 ha |
| | Garzaia di S. Alessandro | 55 ha |
| | Garzaia di Sartirana | 50 ha |
| | Geradadda | 3.001 ha |
| | Golena del Po | 600 ha |
| | Golenale del Gruccione | 388 ha |
| | Golenale lungo il Po | 1.728 ha |
| | Golene Foce Secchia | 1.200 ha |
| | Grugnotorto - Villoresi | 1.850 ha |
| | Grugnotorto Villoresi e Brianza Centrale (GruBrìa) | 2.062 ha |
| | I Lagazzi | n.d. |
| | Il Baluton | n.d. |
| | Incisioni Rupestri di Grosio | 26 ha |
| | La Golena e le sue Lanche | 1.439 ha |
| | La Valletta | 509 ha |
| | Lago del Segrino | 300 ha |
| | Lago di Endine | 1.606 ha |
| | Lago Moro | 131 ha |
| | Lambro Meridionale e del Ticinello | 616 ha |
| | Le Folaghe | 72 ha |
| | Malmera, Montecchi e Colle degli Angeli | 975 ha |
| | Masso di arenaria rossa del Permico | n.d. |
| | Media Valle del Lambro | 296 ha |
| | Medio Olona | 613 ha |
| | Molgora | 1.000 ha |
| | Monte Canto e del Bedesco | 2.969 ha |
| | Monte Lesima | 1.250 ha |
| | Monte Varro | 2.423 ha |
| | Moso | 1.058 ha |
| | NaturalSerio | 248 ha |
| | Oasi Bosco Negri | 34 ha |
| | Oasi Cesano Maderno | 100 ha |
| | Oasi Lancone di Gussola | 148 ha |
| | Oasi LIPU Bosco del Vignolo | 24 ha |
| | Palustre | 60 ha |
| | Parco dei Mughetti | 1.462 ha |
| | Parco San Lorenzo | 29 ha |
| | Pianalto di Romanengo e Navigli Cremonesi | 1.211 ha |
| | Piazzo | 75 ha |
| | Pietra Lentina | n.d. |
| | Pietra Luna | n.d. |
| | Pietra Nairola | n.d. |
| | Pietra Pendula | n.d. |
| | Po e Morbasco | 500 ha |
| | Preia Buia | n.d. |
| | Primo Maggio | 4 ha |
| | Rile Tenore Olona | 1.452 ha |
| | Rio Morla e delle Rogge | 1.687 ha |
| | Rio Vallone | 616 ha |
| | Roccolo | 1.810 ha |
| | Roggie | 513 ha |
| | Ronchi | 61 ha |
| | San Colombano | 730 ha |
| | San Pietro al Monte e San Tomaso | 1.119 ha |
| | Sass Negher | n.d. |
| | Sasso Cavallaccio | n.d. |
| | Sasso di Guidino | n.d. |
| | Sasso di Preguda | n.d. |
| | Serio Nord | 158 ha |
| | Solferino | 240 ha |
| | Sorgenti del Torrente Lura | 1.228 ha |
| | Strone | 735 ha |
| | Val Sanagra | 758 ha |
| | Valentino | 110 ha |
| | Valle Albano | 652 ha |
| | Valle Brunone | 3 ha |
| | Valle del Lambro | 795 ha |
| | Valle del Lanza | 676 ha |
| | Valle del Serio Morto | 851 ha |
| | Valle del Torrente Lura | 1.930 ha |
| | Valle San Martino | 694 ha |
| | Valli d'Argon | 549 ha |
| | Valpometto | 327 ha |