Parte della Riserva è fruibile anche dagli amanti della nautica. Presso la foce inizia infatti la Litoranea veneta, canal navigabile che permette di raggiungere Venezia per acque interne, passando per la Laguna di Grado e Marano. Per chi alle imbarcazioni a motore preferisce la canoa è possibile risalire il corso del fiume Isonzo sino a raggiungere il Centro visite dell'Isola della cona.