La Manifattura dei Marinati raccoglie la tradizione e la cultura di Comacchio, una città che da sempre ha uno stretto legame con le sue Valli. Nel periodo autunnale è possibile vedere l'intero ciclo di lavorazione di acciughe, acquadelle e soprattutto anguille, con la preparazione che viene fatta nella Sala Fuochi e prevede quattro fasi principali: il taglio, la spiedatura, la cottura ed il confezionamento. Nella sala superiore vengono proiettati audiovisivi, che mostrano com'era la città e il territorio circostante e raccontano la vita nelle valli del passato. Un patrimonio oramai storico è legato alle numerose "Maròte" presenti all'ingresso e all'interno nel Centro Visite, tipiche imbarcazioni vivai a fondo piatto, caratterizzate da fori e fessure sul fondo e lungo le fiancate.