L'Ente gestisce quattro aree protette: il Parco naturale dei Lagoni di Mercurago, 470 ettari in area collinare morenica caratterizzata da boschi misti, prati-pascoli, stagni e paludi con rilevanze botaniche e testimonianze archeologiche; la Riserva Naturale speciale del Fondo Toce, 360 ettari comprendente il più esteso canneto sulla sponda piemontese del lago Maggiore e fasce di vegetazione ripariale; la Riserva Naturale Speciale dei Canneti di Dormelletto, 157 ettari, aree di canneto sulla sponda sud-occidentale del Lago Maggiore, importanti per la fauna; la Riserva naturale del Bosco Solivo, circa 340 ettari nel comune di Borgo Ticino, attorno alla piccola altura del Motto Solivo.